Sejak berdirinya Kesultanan Yogyakarta, akibat perjanjian Giyanti tahun 1755, mulai banyak orang dari penjuru Nusantara yang berdatangan untuk berdagang, termasuk pedagang Tionghoa. Lama – kelamaan jumlah pedagang itu meningkat dan sebagian besar mulai menetap di kotapraja. Oleh karena itu, pemerintah Belanda mengangkat seorang kapiten Tionghoa bernama To In sebagai penanda komunitas tersebut.Pendapat lain menambahkan, bahwa orang Tionghoa yang mula-mula datang di Yogyakarta kebanyakan kaum laki-laki. Kemudian dari mereka banyak yang menikah lintas suku (intermarriage) dengan perempuan setempat.

Mengenai lokasi awal pemukiman orang Tionghoa juga ada perbedaan pendapat. satu pendapat mengatakan orang Tionghoa mulanya berada di daerah Pecinan yang terletak di sebelah utara Pasar Gede. Meskipun sudah diatur oleh Belanda ternyata sampai tahun1830 masih ada orang Tionghoa yang tinggal diluar daerah tersebut dan menyebar di beberapa tempat meski mendapat ancaman denda sebesar f 25 – f 100(Mata uang yang berlaku pada perang dunia ke II De Javasche Bank dan Uang Pemerintah Hindia Belanda).Mengikuti perkembangan pembangunan kota, pada tahun 1867 pemukiman komunitas Tionghoa menyebar di sekitar ibukota meliputi Ketandan, Gandekan, Ngabean, Ngadiwinatan, Suronatan, Gading, Ngasem, daerah Patuk ke utara hingga rel kereta api di sebelah Tugu. Bahkan di daerah Pakualaman dan Godean pun terdapat sejumlah pemukiman orang – orang Tionghoa.

Ada pendapat yang mengatakan orang Tionghoa mula-mula berada di kampung Kranggan dan kemudian menyebar ke tempat-tempat lain yang baik untuk perdagangan (dekat pasar atau pinggir jalan utama). Jumlah mereka tidak terlalu besar, kurang lebih 2 – 3 persen dari seluruh penduduk. Sedangkan orang Arab ada di kampung Sayidan dan orang Eropa di Loji Kecil, Bintaran, Jetis hingga Kota Baru. Kemudian karena semakin bertambahnya jumlah orang Tionghoa di Yogyakarta, maka atas izin Kesultanan mereka diperbolehkan menempati selatan Kranggan hingga utara rel kereta api. Namun lama kelamaan orang Tionghoa diperkenankan tinggal diantara selatan rel kereta api hingga batas Pasar Gede (Beskalan dan Ketandan).

Dewasa ini, pemukiman orang Tionghoa di Yogyakarta mengalami penyebaran yang cepat. Beberapa faktor yang mempengaruhi pilihan lokasi adalah kemudahan dalam mengakses pasar dan klenteng. Selain itu juga lokasi strategis di pinggir jalan utama (provinsi atau kabupaten) dan berdekatan dengan terminal atau bandara.

Kemudian mengenai jumlah orang Tionghoa di Yogyakarta, data yang paling awal ditunjukkan dalam catatan Raffles saat menjabat sebagai Gubernur Jenderal di Jawa (1811-1816). Data ini mencatat bahwa  jumlah orang Tionghoa di Yogyakarta sebesar 2.202 dengan perincian: jumlah laki-laki sebesar 1.201 dan perempuan sebesar 1.001. Mereka terkonsentrasi di sekitar pasar, di antara benteng Belanda (Vredeburg) dan Kepatihan Danurejan.

Semenjak lengsernya Presiden Soeharto dari kursi pemerintahan tahun 1998, perubahan terjadi secara signifikan pada posisi orang Tionghoa di Indonesia. Abdurrahaman Wahid sebagai presiden terpilih Pemilu 1999, mengeluarkan kebijakan untuk merevitalisasi adat istiadat dan kepercayaan China sekaligus mencabut Inpres No 14 Tahun 1967 tentang pelarangannya. Kemudian Presiden Megawati yang menggantikan Gus Dur, melanjutkan dengan keputusan menjadikan Imlek (Tahun Baru China) sebagai Hari Libur Nasional.

Pergeseran iklim politik tersebut, langsung atau tidak langsung, telah mendorong gerak orang Tionghoa untuk lebih berpartisipasi dalam segala aspek kehidupan bermasyarakat baik perseorangan atau berkelompok. Termasuk dari kalangan orang Tionghoa muslim yang jumlahnya lebih sedikit dari kelompok non muslim (minority within minority).

Dewasa ini, kelompok Muslim Tionghoa ini mulai melakukan konsolidasi baik ke dalam dan ke luar, dengan mengendarai organisasi yang bernama Persatuan Islam Tionghoa Indonesia d/h Pembina Iman Tauhid Indonesia (PITI). Selain meningkatkan kapasitas anggota dengan berbagai kegiatan dan juga membangun mesjid dengan arsitektur China, mereka juga mulai bekerja sama dengan organisasi Tionghoa yang lain. Terutama kaitannya dalam penyelenggaraan kegiatan sosial dan budaya, termasuk peringatan hari – hari besar tradisi China seperti; Imlek dan Peh Cun. Dan tampaknya kecenderungan ini banyak terjadi di berbagai pengurus wilayah, dimana jumlah orang Tionghoanya tinggi, salah satunya di Kota Yogyakarta.